Seit 1. Januar 2002 müssen Unternehmer, die Bauleistungen vergeben, gemäß § 48 Einkommensteuergesetz bei Erhalt der Rechnung 15 Prozent des Rechnungsbetrages einbehalten und an das Finanzamt abführen. Liegt eine Freistellungsbescheinigung vor, muss der Steuerabzug nicht vorgenommen werden. Das heißt, zu ertragsteuerlichen Zwecken muss der Bauunternehmer seinem Auftraggeber eine Freistellungsbescheinigung vorliegen. Die Bauunternehmer haben regelmäßig eine Freistellungsbescheinigung bei dem zuständigen Finanzamt beantragt. Diese Freistellungsbescheinigungen - soweit diese nicht für einen einzelnen Auftrag erteilt worden sind - haben eine Gültigkeit über einen Zeitraum von drei Jahren. Eine Vielzahl der Freistellungsbescheinigungen sind daher zum Ende des Jahres 2010 ausgelaufen. Betroffene Unternehmer sollten ihre Freistellungsbescheinigungen überprüfen und - sofern noch nicht geschehen - eine neue Freistellungsbescheinigung beantragen. Wurde der Antrag bereits innerhalb von sechs Monaten vor Ablauf der bisherigen Bescheinigung gestellt, knüpft deren Geltungsdauer an die Geltungsdauer der bereits erteilten Bescheinigung an.

Seit 1. April 2004 gilt für Bauleistungen außerdem die Steuerschuldumkehr, demnach kommt es für Bauleistungen, die zwischen bauleistenden Unternehmen erbracht werden zur Steuerschuldnerschaft des Leistungsempfängers. Als Nachweis für einen bauleistenden Leistungsempfängers gilt die Freistellungsbescheinigung. Somit muss zu umsatzsteuerlichen Zwecken der Auftraggeber dem leistenden Bauunternehmer eine Freistellungsbescheinigung vorlegen. Wichtig ist, dass die Freistellungsbescheinigung auch tatsächlich zu umsatzsteuerlichen Zwecken vorgelegt wurde, also vom Leistungsempfänger im Zusammenhang mit der Bauleistung. Wurde die Bescheinigung zu einem früheren Zeitpunkt schon zu ertragsteuerlichen Zwecken vorgelegt (der jetzige Leistungsempfänger war Auftragnehmer – „Bauabzugssteuer“), gilt dies nicht als Nachweis dafür, dass die Steuerschuldnerschaft gegenwärtig beim Leistungsempfänger angesiedelt ist.

Bauabzugsteuer und Umkehr der Steuerschuldnerschaft dürfen daher nicht verwechselt werden. Die Umkehr der Steuerschuldnerschaft tritt unabhängig davon ein, ob ein Freistellungsbescheid vorgelegt wird.